染色質免疫沉淀技術(ChromatinImmunoprecipitation,簡稱ChIP)是研究活體內蛋白質與DNA相互作用的一種技術。它利用抗原抗體反應的特異性,可以真實地反映體內蛋白因子與基因組DNA結合的狀況。隨著對基因功能研究的不斷深入,這項技術正越來越多的被應用于科研的各個領域。
把生理狀態下的細胞內的DNA與蛋白質交聯在一起,通過超聲或酶處理將染色質切為小片段后,利用抗原抗體的特異性識別反應,將與目的蛋白相結合的DNA的片段沉淀下來,然后可進行后續的DNA序列測序鑒定等。
一是應該選擇能夠做ChIP實驗的抗體。盡量選擇ChIP級別商業化的抗體。如沒有,一般可以重組到帶有標簽的載體上,再轉染相應的宿主(目前市面上商業化的chip抗體只有300多種,因此正好找到對應抗體較困難,可以選擇標簽抗體)。
二是抗體的結合位點。選擇單抗的話,盡量遠離抗原和染色質相結合的位點,這樣可以最大限度保證抗體和抗原的結合,而多抗可識別多個表位,可基本避免該風險。因此單多抗各有優缺點,應重點關注該抗體是否經過ChIP驗證。
三是抗體的濃度。抗體濃度的也很重要,濃度太低,不能與靶蛋白*結合。濃度太高會導致非特異性條帶增加背景。